Dari hasil pemeriksaan yang dilakukan oleh Direktorat
Jenderal Pajak (DJP), maka akan diterbitkan suatu Surat Ketetapan Pajak (SKP),
yang dapat mengakibatkan pajak terutang menjadi kurang bayar, lebih bayar, atau
nihil. Jika Wajib Pajak (WP) tidak sependapat, maka timbullah sengketa pajak.
Penyelesaian sengketa pajak di tahap paling awal adalah pengajuan permohonan
keberatan atas surat ketetapan tersebut. Selanjutya apabila belum puas dengan
keputusan keberatan tersebut maka WP dapat mengajukan banding. Langkah terakhir
yang dapat dilakukan oleh WP dalam sengketa pajak adalah peninjauan kembali ke
Mahkamah Agung.
Penetapan pajak dilakukan oleh DJP melalui proses pemeriksaan, penelitian, maupun verifikasi. Jenis-jenis ketetapan pajak yang diterbitkan
adalah: Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar (SKPLB), Surat Ketetapan Pajak Kurang
Bayar (SKPKB), Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Tambahan (SKPKBT), dan Surat
Ketetapan Pajak Nihil (SKPN). Di samping itu dapat diterbitkan pula Surat
Tagihan Pajak (STP) dalam hal dikenakannya sanksi administrasi yang dapat
berupa denda, bunga, serta kenaikan.